El Secretario General de la Comisión de la Verdad en uso de sus facultades y de acuerdo a los lineamientos del pleno de las comisionadas y comisionados, mediante la Resolución 006 del 24 de agosto de 2018 adoptó la estructura interna de la Comisión, la cual ha sido modificada mediante las resoluciones 024 del 11 de marzo de 2019, 053 de 2019 y 072 de 30 de julio de 2019.
Con el fin de describir la operación de las actividades de la Comisión de la Verdad, y basados en el diseño organizacional presentado al Departamento Administrativo de la Función Pública en el año 2018, el Comité Administrativo y de Gestión en sesión llevada a cabo el 14 de junio de 2019, aprobó el Modelo de Operación por Procesos de la Comisión de la Verdad, el cual contiene todos los procesos, procedimiento y demás documentos necesario para la toma de decisiones en cada una de las dependencias.